Thực hiện kết luận thanh tra là khâu quan trọng trong hoạt động thanh tra nhưng cũng là vấn đề thường gặp nhiều khó khăn trong thực tiễn. Thông thường kết luận thanh tra sau khi chỉ ra những vi phạm của đối tượng thanh tra thì đưa ra những kiến nghị trong đó nói rõ các biện pháp, giải pháp phải thực hiện, bao gồm cả việc thu hồi tài sản, các biện pháp hành chính khác hoặc xử lý kỷ luật
Thực hiện kết luận thanh tra là khâu quan trọng trong hoạt động thanh tra nhưng cũng là vấn đề thường gặp nhiều khó khăn trong thực tiễn. Thông thường kết luận thanh tra sau khi chỉ ra những vi phạm của đối tượng thanh tra thì đưa ra những kiến nghị trong đó nói rõ các biện pháp, giải pháp phải thực hiện, bao gồm cả việc thu hồi tài sản, các biện pháp hành chính khác hoặc xử lý kỷ luật. Việc thực hiện kết luận thanh tra phải qua nhiều khâu, liên quan đến trách nhiệm của nhiều cơ quan, tổ chức, cá nhân. Khác với việc thi hạnh bản án hình sự, dân sự có cả hệ thống cơ quan chueyen trách đảm nhiệm, thực hiện kết luận thanh tra chủ yếu dựa trên ý thức trách nhiệm của những cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan và cũng khó có thể áp dụng chế tài để bảo đảm thực hiện.
Luật Thanh tra năm 2025 quy định trách nhiệm thực hiện kết luận thanh tra đối với Thủ trưởng cơ quan thanh tra, trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước và trách nhiệm của đối tượng thanh tra, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức cá nhân có liên quan như sau:
Trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan thanh tra được quy định như sau:
1. Thủ trưởng cơ quan thanh tra phải có văn bản kiến nghị Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp để chỉ đạo việc thực hiện nội dung kết luận thanh tra theo quy định tại khoản 1 Điều 53 của Luật này.
Văn bản kiến nghị phải được gửi đồng thời với kết luận thanh tra, trong đó đề xuất cách thức, biện pháp tổ chức thực hiện đối với các kiến nghị trong kết luận thanh tra thuộc thẩm quyền xử lý của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.
2. Thủ trưởng cơ quan thanh tra phải báo cáo kết quả thực hiện kết luận thanh tra với Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.
Trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước được quy định như sau:
1. Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp chịu trách nhiệm chỉ đạo việc thực hiện kết luận thanh tra như sau:
a) Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được kết luận thanh tra, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp phải ban hành văn bản chỉ đạo thực hiện kết luận thanh tra, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này;
b) Đối với kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được kết luận thanh tra, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo thực hiện những nội dung thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước khác ban hành văn bản tổ chức thực hiện kết luận thanh tra những nội dung thuộc thẩm quyền của mình.
2. Văn bản chỉ đạo thực hiện kết luận thanh tra có các nội dung sau đây:
a) Xử lý hoặc yêu cầu, kiến nghị cơ quan, người có thẩm quyền xử lý sai phạm về kinh tế;
b) Xử lý hoặc yêu cầu, kiến nghị cơ quan, người có thẩm quyền xử lý cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm pháp luật;
c) Áp dụng hoặc yêu cầu, kiến nghị cơ quan, người có thẩm quyền áp dụng biện pháp khắc phục, hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật.
3. Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp với cơ quan thanh tra xem xét, xử lý khó khăn, vướng mắc trong thực hiện kết luận thanh tra nhằm bảo đảm hiệu quả quản lý nhà nước.
Trách nhiệm của đối tượng thanh tra, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan:
1. Đối tượng thanh tra phải xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thực hiện kết luận thanh tra, bảo đảm đầy đủ, kịp thời, đúng thời hạn. Kế hoạch nêu rõ các biện pháp khắc phục sai phạm về kinh tế, xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm pháp luật nêu trong kết luận thanh tra; tiến độ thực hiện và việc báo cáo kết quả thực hiện đến cơ quan ban hành kết luận thanh tra. Đối với những nội dung trong kết luận thanh tra mà chưa thực hiện được ngay, trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày công khai kết luận thanh tra, đối tượng thanh tra phải báo cáo người có thẩm quyền, trong đó nêu rõ tiến độ và giải thích lý do.
Trong quá trình thực hiện kết luận thanh tra, trường hợp có khó khăn, vướng mắc thì báo cáo cơ quan ban hành kết luận thanh tra để tổng hợp, báo cáo Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp với cơ quan thanh tra xem xét, xử lý theo quy định.
2. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày công khai kết luận thanh tra, căn cứ nội dung trong kết luận thanh tra, văn bản tổ chức thực hiện kết luận thanh tra, các yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra có trách nhiệm sau đây:
a) Thực hiện đầy đủ, kịp thời, đúng thời hạn yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra thuộc phạm vi trách nhiệm của mình;
b) Kịp thời chỉ đạo đối tượng thanh tra tổ chức thực hiện kết luận thanh tra, các yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra;
c) Áp dụng biện pháp theo thẩm quyền để giải quyết khó khăn, vướng mắc của đối tượng thanh tra trong quá trình thực hiện kết luận thanh tra, các yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra;
d) Kiểm tra việc xây dựng phương án thực hiện kết luận thanh tra của đối tượng thanh tra.
3. Đối tượng thanh tra, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan có trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện kết luận thanh tra với cấp có thẩm quyền và Thủ trưởng cơ quan thanh tra.